1. Συλλογή Βλαχογιάννη

Η Συλλογή Βλαχογιάννη αποτελεί σημαντική συλλογή της ΚΥ των ΓΑΚ που κατά το παρελθόν υπήρξε και αντικείμενο ενδιαφέροντος ειδικής Επιτροπής. Αποτελείται από φακέλους εγγράφων, χειρόγραφα, κυτία με θεματικό περιεχόμενο, έντυπα και βιβλιογραφικά δελτία που προέρχονται από την προσωπική συλλογή του ιδρυτή των Γενικών Αρχείων του Κράτους ιστοριοδίφη Γιάννη Βλαχογιάννη (Κατάλογοι Α΄ - ΣΤ΄).

2. Μικρές Συλλογές Κ

Περιλαμβάνονται προσωπικά αρχεία, ιδιωτικές συλλογές, σύμμεικτες συλλογές με ποικίλο περιεχόμενο αλλά και αρκετές περιπτώσεις δημοσίων αρχείων που αποκτήθηκαν μέσω αγοράς ή δωρεάς.

3. Συλλογή Χειρογράφων

ΓΑΚ Χειρόγραφα εκκλησιαστικού, νομικού, φιλολογικού περιεχομένου που εκτείνονται από τον 11ο μέχρι και τον 19ο αιώνα.

4. Συλλογή Οπτικοακουστικών αρχείων

Φωτογραφικά λευκώματα (από αγορές ή δωρεές), μαγνητοταινίες και κασέτες ήχου. Αντίστοιχο υλικό συμπεριλαμβάνεται και σε άλλα αρχεία και συλλογές και επισημαίνεται στα Ευρετήρια.

5. Συλλογή Χαρακτικών

Η συγκεκριμένη συλλογή περιλαμβάνει χάρτες, λιθογραφίες κλπ και προέρχεται κυρίως από υλικό που αρχικά απετέλεσε μέρος της Ειδικής Ιστορικής Βιβλιοθήκης των ΓΑΚ. Είναι μία από τις πρώτες συλλογές που ψηφιοποιήθηκε στο πλαίσιο της Πρόσκλησης 65 του Επιχειρησιακού Προγράμματος της Κοινωνίας της Πληροφορίας.